O Cerrado se estende majoritariamente pelo Planalto Central do Brasil. Um estudo da Universidade de Brasília (UnB) em conjunto com o Serviço Geológico do Brasil mostra que o Planalto Central possui alguns dos tipos de rochas mais raras do mundo, e esta composição geológica é em decorrência da antiga presença de um oceano e de uma cordilheira presentes no território onde hoje se localiza o Brasil. Basicamente, pode-se dizer sua geologia é antiga, apresentando o complexo cristalino e bacias sedimentares, com rochas de diferentes tipos. Dentre estas, destacam-se as calcárias que formam fendas frequentemente, grutas e cavernas de diferentes tamanhos. O cerrado ocupa altitudes que vão dos 300 metros, como na Baixada Cuiabana, no Mato Grosso, até altitudes superiores a 1.600 metros, como na Chapada dos Veadeiros, em Goiás (Ribeiro; Walter, 1998). A maior parte do relevo é plano ou suavemente ondulado, mas também ocorrem paisagens acidentadas, com relevos ondulados a forte-ondulados. Os pontos mais elevados situam-se em Goiás, entre os quais se ressaltam o Pico Alto da Serra dos Pirineus e a Chapada dos Veadeiros, e também a Serra do Espinhaço e a Serra do Caraça, ambas em Minas Gerais, além de outros pontos com altitudes entre 500 e 800 metros, como a Serra do Jerônimo

A Chapada dos Veadeiros localiza-se em Goiás, entre os municípios de Alto Paraíso de Goiás, Cavalcante, Teresina de Goiás e Colinas do Sul. Geomorfologicamente, esta chapada encontra-se na região do Planalto Central Goiano e Complexo Montanhoso Veadeiros-Araí (RADAMBRASIL, 1978) e possui altitudes entre 400 m e 1.676 m. Sua paisagem é belíssima, com muitas cachoeiras, um mosaico de campos rupestres e úmidos, matas e veredas, além de uma fauna muito variada, principalmente devido ao gradiente altitudinal, que favorece a presença de uma alta diversidade de espécies de fauna e de flora (PAES, 1995).

A Chapada dos Guimarães está localizada no sul do Mato Grosso, a 65 Km de Cuiabá, exatamente no Centro Geodésico da América do Sul. Possui altitudes de até 900 metros, com vento constante e temperaturas baixas no inverno, porém altas no verão. Apresenta vegetação diversificada e composta por cerrado, matas de galerias e florestas, e compartilham espécies com outros biomas. Possui várias cachoeiras, cuja mais conhecida é a Véu de Noiva com 75 metros de queda livre. O Governo Federal transformou 3.300 hectares da região em parque nacional pra proteção da biodiversidade.

Muitas cavernas brasileiras localizam-se no bioma Cerrado e a maior partes delas é formada de calcária. Destaca-se a região de Terra Ronca, no município de São Domingos, em Goiás. Nesse local, se formam diversas e grandes cavernas como São Mateus, Angélica, São Vicente e a própria Terra Ronca. Outra local que possui diversas cavernas é a Chapada Diamantina, na Bahia. Ela possui 250 cavernas, como Pratinha, Torrinha, Lapa Doce e Gruta Azul, no município de Itaquara, o Buraco do Cão em Seabra e a famosa Gruta Encantada, em Itaetê. Normalmente, no interior das grutas formam-se os espeleotemas, cujas cores, formas e dimensões dependem do tipo de mineral depositado e do mecanismo de deposição do material de cada caverna.

O Parque Nacional Grande Sertão Veredas localiza-se nos municípios de Formoso, Arinos e Chapada Gaúcha, em Minas Gerais, na divisa com Bahia, próximo a Goiás. A região possui variações topográficas e justaposição de três formações geológicas, onde predominam os arenitos da Formação Urucuia, cujas rochas formaram-se com a influência de clima desértico e hoje abrigam aquífero que possui grande armazenamento de água. Na baixada, o relevo é plano e suavemente ondulado, mas a serra da chapada e o morro Três Irmãos apresentam variações topográficas e são susceptíveis a erosão. Nela ocorrem a fitofisionomias cerrado sentido restrito, campo sujo, matas de galeria e ciliares, veredas e carrasco. A fauna também é bastante diversa e abriga muitas das quais encontram-se ameaçadas de extinção e que são compartilhadas com outros biomas.

A baixada cuiabana é a depressão geográfica da bacia do rio Paraguai, onde começa Pantanal, irrigado pelos rios Paraguai, Cuiabá, São Lourenço, Manso e Vermelho (IBGE). A região se estende por 13 municípios do Mato Grosso (Acorizal, Barão de Melgaço, Chapada dos Guimarães, Cuiabá, Jangada, Nobres, Nossa Senhora do Livramento, Nova Brasilândia, Planalto da Serra, Poconé, Rosário Oeste, Santo Antônio do Leverger, Várzea Grande).